卵巢囊肿通常指的是良性的肿物，对于滤泡囊肿黄体囊肿这类生理性的囊肿通常只需要进行定期的复查，囊肿可能在2到3个月经周期后会自然的消退，不需要进行特殊的处理。对于炎症性的疾病，如果口服抗炎药物或者静脉保守抗炎之后效果不佳，脓肿激化，包裹形成慢性的囊肿，可以考虑进行手术探查。
对于子宫内膜异位囊肿，如果是导致不孕的主要原因或者引发的痛经症状比较严重，药物治疗无效，也可以考虑对直径大于四厘米的囊肿进行剥除，这类患者建议月经干净3到7天后进行手术，因为这个时间段是盆腔充血最为轻微的时期，可以减少术中的出血等等。
另外卵巢的恶性肿瘤，该类手术属于限期手术，建议尽可能地在短时间内进行手术。还有急腹症的情况，例如囊肿出现了蒂扭转，破裂，感染，尤其是像蒂扭转的急腹症，需要尽快地到医院急诊就诊，进行腹腔镜下的探查，酌情进行肿物的剥除，或者是附件的切除。
