大部分囊肿是不影响怀孕的。例如生理性的囊肿，像是卵泡囊肿或者是黄体囊肿滤泡囊肿等，一般不会影响怀孕，并且通过规律的超声下复查，大部分可以自然消失。
炎症性的囊肿，如果合并输卵管积水，子宫内膜炎或者是盆腔炎，可能会通过影响受精卵的着床从而影响患者的受孕，另外还有一种比较特殊的是巧克力囊肿也叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是指子宫内膜异位在卵巢组织内，并具有生长和分泌功能。对于这样疾病的患者来说，可能是由于盆腔内的免疫微环境失调，以及病灶导致的排卵障碍等等或者是黄体功能不良等多方面导致怀孕过程出现异常。
卵巢囊肿一经发现，首先要明确性质，具体的治疗方式以及患者是否适合怀孕需要经过临床检查根据患者的检查结果由专业的医生来确定。
