肝内胆管结石引起的疼痛的位置主要在肝区附近，通常较小的肝内胆管结石，并不会引起明显的疼痛，只有当结石较大阻塞胆管后，由于胆管剧烈收缩，可能会引起胆道痉挛性疼痛，通常位于上腹正中或者上腹偏右的位置，如果疼痛比较严重，可以向右肩背部放散。
除疼痛外，患者可能还存在有皮肤巩膜黄染、发热等全身多个器官系统的表现，当肝内胆管结石患者出现腹痛时，要注意与其他疾病加以鉴别，主要需要和胃肠道某些疾病进行鉴别，如溃疡、胃肠炎、胃痉挛等，如果存在上述的疾病通常有进食生冷、不易消化的食物为诱因。而且这种疼痛通常位于上腹部或者肚脐附近，通过局部的按压或理疗，可以使胃肠道疼痛有一定的程度的缓解。胃肠道疼痛通常不伴有发热和肝功能的异常，因此临床上需要结合患者疼痛的具体位置 ，伴随的症状进行综合的判断是否为肝内胆管结石导致的疼痛。
