自然流产的主要原因可能包括以下几个方面：胚胎方面的因素，母体方面的因素，还有就是父亲也就是父源的这个因素，另外还有环境的因素。
1、胚胎方面的因素例如染色体异常，包括数目的异常以及结构的异常，胚胎方面的因素占早期流产的50%到60%占晚期流产大概30%左右。可以是由于父源性的染色体异常，也可以是由于母源性的染色体，这属于遗传因素的一部分，另外染色体异常也可能是由于药物或者是环境等等因素诱发的。
2、母体因素，可以是全身性的疾病，例如一些感染性的疾病引发的高热或者是全身的慢性消耗性疾病等等。还有就是内分泌的异常，例如甲状腺功能减退，黄体功能不全或者是控制不良的血糖升高，子宫畸形包括子宫纵膈、双角子宫以及宫劲机能不全、宫颈粘连等等。还有外界的应激包括腹部创伤手术，另外还有母体的免疫性疾病，包括抗磷脂抗体综合征、母儿血型不合等等。
3、还有研究提示环境中的重金属，例如砷铅化学物质、包括苯等等，也可能会引发自然流产的发生。
