目前治疗小儿室间隔缺损有几种不同的方法，也就是外科开胸手术修补和介入封堵的方法。外科开胸手术修补是传统经典的治疗方法，介入封堵是近年来兴起的一种新的治疗方法，这两种方法各有利弊和各有优缺点。
外科开胸手术的方法，适用于所有部位和所有类型的室间隔缺损，不过需要开胸和需要体外循环，因此被认为创伤较大，术后胸壁会留有手术切口的疤痕而影响美观。 介入封堵的方法不需要开胸和体外循环，也没有手术切口，手术以后不留疤痕，因此被认为创伤小和患者外形美观。
但是由于室间隔缺损部位的特殊性，介入操作相对比较困难，而且导管或者封堵器容易损伤心脏的重要结构。因此对绝大部分的室间隔缺损，多数临床医生还是倾向于建议外科手术修补，而不是介入封堵的方法。不过对于某种部位的缺损，比如室间隔肌部的小的缺损，外科手术可能很难找到缺损的位置，这个时候介入封堵的方法就成为一种优势了。
