早期预防是减少先天性心脏病发病率的重要手段，母亲在怀孕早期要避免大剂量的辐射、宫内感染，这些因素均可能造成胎心畸形。而孕期的被动吸烟、怀孕早期感冒也是导致先天性心脏病的危险因素，做好产前检查，对于防止先天性心脏病孩子的出生至关重要，这样才能做到对疾病患儿的早发现、早干预和实施治疗。
对于胎儿心脏超声检查异常的先天性心脏病高危孕妇，要进一步检查确定胎儿先天性心脏病的复杂程度。对于复杂畸形预期疗效不好的病例，建议终止妊娠，部分简单地进行预期疗效满意的病例，比如室间隔缺损、房间隔缺损等等，可建议孩子出生以后再做治疗。
