室间隔缺损是否自然愈合，影响的因素是非常多，其中主要取决于室间隔缺损的位置以及室间隔缺损的大小。对于某些位置的室间隔缺损，比如肺动脉瓣下室缺、双动脉下室缺，或者对位不良型的室间隔缺损，比较大的肌部室间隔缺损，这几类缺损往往很难自然愈合，而对于膜周部位的缺损，如果缺损不是很大，不超过5个毫米，属于非常小的室间隔缺损。
在生长发育过程中，由于周围有三尖瓣隔瓣组织，有可能会逐渐形成超声心动图上所见到的描述，就是假性室间隔瘤的形成。当假性室间隔膜部瘤分流口比较集中，而且在随访的过程当中，分流口在逐渐减小，那么这类室间隔缺损有发生自然愈合的可能性。
