室间隔缺损属于先天性心脏病，先心病是遗传和环境因素等多种因素相互作用的结果。可能的高危因素有母亲在妊娠前三个月患病毒或细菌感染，尤其是风疹病毒和柯萨奇病毒，其生出的婴儿出现先天性心脏病的几率较高，其他影响如胎儿宫内受压、妊娠早期先兆流产、母体营养不良、母亲患有糖尿病、高钙血症等等。
妊娠早期接触放射线，服用细胞毒性药物。母亲怀孕时年龄过大，生出的婴儿有可能患有先天性心脏病。根据调查，单纯由环境因素造成先天性心脏病的例证，如风疹感染，约占先心病患儿中的1%~2%，而绝大多数超过90%的先天性心脏病患者，病因可能是多因素造成，也就是皆有遗传以及环境因素的影响。
