妇科囊肿包括多种类型，例如最常见的就是超声报道的卵巢囊肿，比较多见且大部分是生理性的，例如卵巢的黄体囊肿或者是滤泡囊肿。生理性的囊肿如果经过复查减小或者是消失，就不需要特殊的处理。也可以考虑口服2到3个周期的短效避孕药，生理性的囊肿定期复查就可以了。
其他的囊肿，例如输卵管积水或者卵巢的炎性囊肿，可以考虑口服消炎的药物，然后隔3到6个月复查看囊肿的体积是否缩小，如果囊肿持续存在，或者是直径超过5到8厘米，可以考虑使用腹腔镜手术的方法，对囊肿进行剥除。
另外还有一类囊肿是巧克力囊肿，然后医学上的名称是卵巢子宫内膜异位囊肿，这类囊肿可以考虑口服短效避孕药或者是注射GnRH-a，效果其实是因人而异的。如果卵巢子宫内膜异位囊肿，直径超过四厘米或者患者有严重的痛经或者伴有不孕，可以考虑使用腹腔镜的方法对囊肿进行剥除，并进行病理的确诊。
