肝门部胆管癌是有分型的，晚期属于三期，四期以上的患者，晚期很多患者其实已经失去了手术机会 ，生存率是明显下降的。手术的方式分型、还有血管受侵犯的程度、有无淋巴结转移、手术当中出血量、还有癌肿的病理分化程度，以及进展期肝门部胆管癌患者的预后等，都具有密切的相关性。
如手术的方式分为根治性的手术，还有姑息性的切除，姑息性的切除又分为R1切除和R2切除，R1切除是指肉眼看不见的癌细胞，但是显微镜下可以看到癌细胞。R2切除是大部分肿瘤切除，但是肉眼可以看到在残存的断面手术面可以看到癌细胞。
肝门部胆管癌晚期，如果根治性的切除平均生存时间统计为三年，但是姑息性的切除平均生存时间约为1到2年。引流保守治疗及无法做手术的患者治疗平均生存的时间就是6到12个月，所以手术比保守治疗效果要好。
