胰腺囊肿的治疗是以手术为主的，外科手术是根治胰腺囊肿的唯一方法，但是手术方式复杂有一定的风险，因此医生会谨慎地选择手术的治疗。根据囊肿的类型大小特征以及是否引起症状，医生选择相应的治疗方法，只有怀疑恶性的胰腺囊肿或者特别大的囊肿，出现了明显的症状，是需要手术。
对于较小的胰腺假性囊肿，无临床症状以及恶变率极低的病变类型如浆液性的囊腺瘤，一般以监测为主，无需手术。胰腺囊肿的药物治疗由于个体差别大，用药不存在绝对的最好，最快，最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人，选择最适合的药物。早期的假性囊肿可采用奥曲肽等抑制胰液分泌的药物治疗，在药物作用下使囊肿自行的吸收。奥曲肽的主要作用为生长抑素的类似物，可抑制胰液分泌，促进囊肿的闭合，用法是皮下注射，不良反应有厌食，恶心，呕吐，腹泻，腹部痉挛疼痛等，禁忌症是孕妇、哺乳期的妇女和儿童禁用。注意事项是药物会抑制胰岛素的分泌，因此患有糖尿病患者在使用期间应密切的监测血糖。
