川崎病是全身性的非特异性的血管炎性改变，后遗症也可以多个系统受累，其中心血管系统的后遗症是最为突出和严重。
心血管后遗症主要包括冠状动脉病变,，常见的冠状动脉扩张、冠状动脉瘤，甚至巨大的冠状动脉瘤血栓形成，后期有可能会发展成缺血心脏病，甚至出现心率衰竭或者有可能会合并种各种各样的心律失常，还有可能会出现一些心肌或者瓣膜的病变。比如出现主动脉瓣的返流、二三尖瓣的返流或者少量的心包积液等等。
一般心肌瓣膜或者心包的病变多发生在急性期，一段时间不会很长，随着炎症的消退大部分都是可以自愈，只有严重的冠状动脉病变可能会遗留一些相关的心血管的后遗症。还有合并体动脉的改变，比如出现体动脉的扩张或者体动脉的瘤样改变，甚至后期也可能会出现体动脉的狭窄等等，还有一些会出现短暂的急性的肾损伤或者急性的肝功能的损伤或者还可能会出现一些神经系统的后遗症，面神经的麻痹等等，经过对症的处理大部分都是可以减轻或者可以痊愈。
