不典型川崎病和典型川崎病的病情的严重程度，主要取决于相关的和病症或者有没有一些严重的冠脉病变的发生。
因为典型的川崎病早期的症状都比较明显，然后临床医生对疾病的认识也比较足，可以得到及时的诊断和治疗，可能会预防严重的合并症或者并发症的发生，愈后相对较好。但是不典型的川崎病，因为早期的临床症状可能特别的不典型或者不完全，可能没有及时的进行识别或者没有进行及早的诊断或者治疗，有可能会出现病情的延误诊断和治疗的情况发生。后期出现心血管或者全身其他脏器的并发症，较典型川崎病的发生率会更高。
无论是不典型的川崎病，还是典型的川崎病，一旦明确的诊断了之后，就要进行严密的监测，有没有合并症的出现，比如川崎病休克综合征或者是川崎病严重的冠状动脉病变，形成巨大的冠状动脉瘤，甚至出现缺血性心脏病、心力衰竭等等，有可能会遗留心血管的后遗症。所以无论不典型川崎病和典型川崎病，一旦明确诊断了之后，一定要及早地给予相关的治疗，同时要严密的监测有没有合并一些多系统的并发症。
