对于病毒性结膜炎的治疗，临床上主要应用抗病毒的滴眼液对症治疗，常用的药物包括无环鸟苷、阿昔洛韦或者更昔洛韦滴眼液。在临床上由于无环鸟苷、阿昔洛韦滴眼液，对角膜上皮的毒副反应较大，所以更喜欢用更昔洛韦凝胶进行对症治疗。根据患者病变程度不同，可以将滴眼液的应用次数进行调整，比如轻症的患者，每天使用3到4次。
对于病情严重的可能需要增加应用滴眼液的频率。另外病毒性结膜炎和病毒性感冒类似，在早期可能单纯是病毒感染，到了后期可能就会合并细菌性的结膜炎，所以在应用抗病毒滴眼液的同时，可以加上抗生素滴眼液一起治疗。另外病毒性结膜炎是传染病，所以对于病毒性结膜炎的患者，需要注意防护，建议患者要勤洗手，不要用手揉眼睛，眼睛的分泌物和眼泪水要进行相应的处理，自己使用的毛巾和脸盆要每天用开水煮或者烫进行消毒，注意好防护配合治疗病毒性结膜炎的病程就会相应的缩短。
