心内膜垫缺损在临床上分为，部分性心内膜垫缺损和完全性心内膜垫缺损两种类型。
通常情况下完全性心内膜垫缺损，症状出现比较早，在早期就会出现肺动脉高压和心力衰竭的表现，完全性心内膜垫缺损的症状主要取决于心脏房室水平左向右分流的程度。
如果房室间隔缺损比较小，共同房室瓣的返流不严重，患者可能症状不会很明显；如果房室间隔缺损比较大，共同房室瓣的反流也比较严重的话，患者就会有大量的左向右分流。
部分患者可能会出现肺血管阻塞性的病变，比如劳累后心悸、胸闷、气短等等表现，而且患者的运动耐力也比较差，容易反复肺炎甚至心衰；部分性心内膜垫缺损的患儿病情发展通常比较缓慢，如病情严重的时候，表现同完全性心内膜垫缺损差不多。
