法洛四联症在临床上属于一类紫绀类型的复杂型的先天性心脏病，常见的不良的并发症有脑栓塞，这种情况多发生在两岁以内的患儿，原因就是由于患儿长期紫绀缺氧，红细胞增生，血液粘稠度增高，血流缓慢，从而形成血栓所导致。
另外就是脑脓肿，这种情况多发生于两岁以上的患儿，可能的原因是患儿静脉血中被细菌感染的栓子由分流部位进入到脑部，或者因为脑血流减少，脑组织缺氧，从而导致局部脑组织软化而继发感染，患儿常常表现为发热、头痛、呕吐、嗜睡或者抽搐以及偏瘫等等。另外由于法洛四联症患儿在心脏内存在一个异常的通道，从而使血流动力学发生改变，容易形成赘生物而引发感染性心内膜炎。
