深静脉血栓最主要的治疗方法是抗凝治疗，抗凝药物包括注射剂和口服，注射剂主要包括普通肝素和各类低分子肝素药物，包括一些传统像华法林和一些新型的口服抗凝药，如利伐沙班等。
除了抗凝治疗之外，深静脉血栓要考虑到预防肺栓塞的问题，对于有一定指征的病人，应该考虑安放下腔静脉滤器，以防止发生大块的肺栓塞。此外，一些患者可以根据病情选择下肢静脉取栓或下肢静脉的介入血栓消融术。
除此之外，要求患者在卧床期间要抬高患肢，以利患肢消肿，也可以给予一些口服药物，帮助消肿，在血栓进入亚急性期或慢性期之后，要考虑到后续的血栓形成后遗症的治疗，应该以穿戴医用弹力袜或绑扎弹力绷带为主。
