尼帕病毒是一种人畜共患病，传染源包括人和动物，其自然宿主是果蝠。这种果蝠以水果为食，体型较大，两翼展开可达1.5米，外形类似狐狸，属于狐蝠属。果蝠可携带尼帕病毒但自身不发病。事实上，蝙蝠本身可携带多种对人类致命的病毒，却不会自身发病，例如埃博拉病毒、狂犬病病毒、马尔堡病毒，以及2003年的SARS、2012年的中东呼吸综合征，其共同的自然宿主都是蝙蝠，尼帕病毒也符合这一特点。
果蝠会食用当地的水果，尤其是椰枣，也会饮用椰枣汁，其分泌物、排泄物会污染椰枣和椰枣汁，人类食用、饮用被污染的椰枣或椰枣汁后，就会被感染。人类感染尼帕病毒后，其呼吸道分泌物、排泄物、体液中都会携带病毒，进而可以实现人传人，但人传人的传染性较弱。
尼帕病毒基本再生指数为0.33，意味着平均1名感染者仅能传染0.3人，传播能力较弱。通俗来说，若有10人因饮用椰枣汁感染尼帕病毒，仅可能产生3例二代病例，在此基础上仅可能产生1例三代病例，四代病例则基本不会出现。所以，即便不采取任何隔离措施，尼帕病毒的传播链条也会自行终止，出现跨境传播的可能性非常小。最近几年，尼帕病毒疫情仅在印度的两个邦有报道，并没有向印度其他地区扩散，更没有传播到国境之外，进一步说明其跨境传播的可能性非常小。
但不排除存在输入病例的风险，尼帕病毒的潜伏期平均为4-14天，最长可达45天，感染者可能在潜伏期内无任何症状，在此期间若前往其他国家，就可能将病毒携带至境外，形成输入病例。因此，对于来自尼帕病毒病例发生地区的入境人员，必须做好排查工作，尤其是出现发烧症状的人员，一定要排查尼帕病毒感染的可能性。
虽然尼帕病毒人传人概率较小，但不排除将来可能会出现输入病例，但是出现本土病例及聚集性疫情的可能性极低。
