椰枣是当地特色产业，最早种植于中东地区，后被广泛引种至南亚、东南亚。椰枣树外形类似椰子树，但结出的果实更像枣，香甜可口，可生食也可晾干后食用，受当地人欢迎。而椰枣汁并非直接取自椰枣果实，而是将椰枣树皮割开后，悬挂瓦罐或其他容器，收集从树皮中流出的液体，即为椰枣汁。
尼帕病毒的自然宿主是蝙蝠，这类蝙蝠可携带尼帕病毒但自身不发病，其分泌物、排泄物中含有病毒，且蝙蝠喜爱甜味，除了食用椰枣外，也会饮用椰枣汁。由于采集椰枣汁时，悬挂的容器没有加盖，且采集者挂好容器之后会离开，通常第二天才会来取椰枣汁，这段时间内，蝙蝠可能会饮用容器中的椰枣汁，它的分泌物、排泄物就会进入容器，进而污染生椰枣汁。
当地人有直接饮用生椰枣汁的习惯，若饮用了被蝙蝠分泌物、排泄物污染的生椰枣汁，就可能感染尼帕病毒；若将椰枣汁充分加热，感染风险会大幅降低。当地的猪也会食用椰枣、饮用椰枣汁，同样可能被污染的椰枣汁感染。
以往疫情报告的溯源分析，人类感染尼帕病毒并非与蝙蝠直接接触，而是通过饮用被蝙蝠污染的生椰枣汁感染。
