尼帕病毒是一个人畜共患病，在自然界宿主为果蝠，果蝠属狐蝠属，以水果为生，体型远大于我国常见的蝙蝠，两翼展开宽度可达1.5米，形态轮廓与狐狸相近，和形似老鼠的普通蝙蝠不同。
在当地有一种果树叫椰枣树，也叫枣椰树，外形类似椰子树，结出的果实与枣相似，以前在中东地区，后引种至南亚、东南亚，是当地重要经济作物，其果实甜度高，果蝠喜欢食用。
当地有一种习惯便是饮用椰枣汁，但并不是果实的汁液，而是通过割开树干树皮收集的树汁，该汁液糖分含量高、口感甘甜。当地人采集椰枣汁的适合，通常把树皮割开割开，然后悬挂一个容器承接汁液，间隔一段时间再回来取。在承接椰枣汁的时候，可能有果蝠来饮用，在饮用过程中，其分泌物、排泄物会进入容器，污染椰枣汁，当地人饮用了被病毒污染的生椰枣汁后，可导致人体感染尼帕病毒，这是椰枣汁成为传染源的一个原因。
果蝠携带病毒不发病，但其分泌物、排泄物有传染性的病毒污染了椰枣或椰枣汁后，人类再食用便会被传染。当然食用了被污染的椰枣或饮用被污染的椰枣汁后也会被感染，病毒在猪体内大量复制，使猪成为病毒“放大器”，传染其他的动物，也可传染给人。
