先心病手术最佳时间取决于多种因素，其中包括心脏先天畸形的复杂程度，患儿的年龄以及体重，全身发育状态以及营养状况等等。
一般简单的先天性心脏病，建议在1岁到5岁的时候治疗，如果手术时间过早，患儿年龄弱小，体重偏低，全身发育及营养状态也比较差，不仅会显著增加手术风险，而且手术以后恢复起来也比较慢，恢复时间也比较长，花费也比较巨大。
不过对于多数先天性心脏病，如果手术时年龄过大，心脏又会代偿性的增大，甚至会出现肺动脉压力增高，同样会增加手术难度，术后恢复时间也较长。一般情况下，对于合并肺动脉高压，先天畸形严重，而且影响生长发育以及复杂畸形需要分期治疗者，手术越早越好，不受年龄限制。
