室间隔缺损的治疗方法有以下几种，传统的外科方法是在胸前部正中开胸，这种方法适合于所有部位的室间隔缺损，这个部位的切口疤痕比较大，通常在六七厘米以上，而且需要断开胸骨。
近年来经过不断的临床探索和研究，对几乎各个部位的室间隔缺损，都在采取右侧腋下的小切口进行手术，这种小切口的优点是创伤小，不动骨头，切口只有三四厘米长，术后疤痕比较小，相对来说不仅切口美观，而且隐蔽。
室间隔缺损，还有一种治疗方法是介入封堵的方法，介入封堵又分为外科开胸封堵和介入经导管封堵两种，外科开胸封堵是在前胸壁切一个小口进行手术，疤痕大约两厘米左右；介入经导管封堵则不用胸壁切口，所以手术以后没有疤痕，但是封堵方法不是对所有的室间隔缺损都适用，仅适用于个别部位和大小的室间隔缺损。
